1982年にトヨタ自動車工業とトヨタ自動車販売は合併、現在のトヨタ自動車株式会社となった。新会社の社長には喜一郎の長男・豊田章一郎が就任し、佐吉の甥である英二は会長に退いた。国内市場では1982年のビスタ、1984年のハイラックスサーフ、1986年のスープラ、1989年のセルシオ、1990年のエスティマなど次世代のトヨタを担う車種を投入し、販売高トップの座を不動のものにした。
1992年に章一郎は社長を退き、弟の豊田達郎が社長となった。しかし、バブル経済の崩壊は自動車業界を直撃し、トヨタもその影響を受けた。バブル崩壊後の不況の中、1995年に達郎は高血圧で倒れ、副社長の奥田碩が社長職を継いだ。奥田は業績が下り坂になりつつあったトヨタを再生させ、1999年のヴィッツ発売を機に張富士夫に社長の座を譲った。2003年3月末集計における従業員数は65,551人、トヨタグループの連結子会社の合計は 264,096人で日本最大、世界では第三位の企業規模となった。2004年にはネッツ店とビスタ店が統合され、ネッツ店として再出発した。
2005年にはトヨタ町の本社新本館が完成し地上14階、地下2階の一面ガラス張りの現代的な建物が出来上がった。8月にはレクサス店の日本導入を果たした。同年には渡辺捷昭社長が就任。10月、ゼネラルモータースが保有していた富士重工業株（約20%）のうち8.7%を取得し筆頭株主になった上で、提携を結ぶことを発表。2007年には名古屋駅前にある豊田ビル・毎日ビルの建替えによる再開発で建設されるミッドランドスクエア内に新しい名古屋オフィスが完成し、元名古屋ビル、JRセントラルタワーズオフィス、本社機能の一部と名古屋市内と東京本社からそれぞれ日本国内・日本国外の営業部門が移転した。自動車生産台数が世界一となる。
しかし2008年に起こった一連の金融危機を直撃し、2009年3月期の営業利益が58年ぶりの赤字に転落。トヨタショックとまでいわれている。その一方で世界販売台数は897万2,000台となり、前年の生産台数に続いて世界一の座を奪い取った。それまで生産台数世界一を77年間維持していたのはGMだった。また、2009年には本社内にスタジオジブリの新スタジオを設置するなど、新たな試みも模索されている。
前述の1950年の経営危機を教訓とし、「改善（カイゼン）」、ジャストインタイム（JIT、カンバン方式）、トヨタ生産方式等の生産・経営のノウハウを確立した。また販売を重視し、銀行融資に頼らず自己資本の充実に努め、名古屋式経営の見本ともされる無借金経営で優良企業の代表的企業とされる。しかしこれはあくまで単独会計の場合であり、連結子会社においては有利子負債が相応に存在し、また顧客貸し出し（自動車ローン）事業をおこなう金融子会社が存在するため、連結決算においては企業規模相応の有利子負債（約12兆円）が存在する。一方で、単独会計で約6.6兆円（これはスイスの単年度国家予算に匹敵する）、連結では約10兆円（ともに2009年3月期）もの多大な自己資本を抱え、トヨタ銀行とも称される。2002年3月期の通期決算において日本企業初の連結経常利益一兆円を超え、さらに2004年3月期の通期決算では、連結純利益（米国会計基準）でも日本企業初の一兆円超えを達成した。そして2007年3月期連結決算（米国会計基準）では営業利益が2兆2,386億円となり、6年連続で過去最高を更新した上に日本企業として初の二兆円の大台を突破しマスコミから絶賛された。
1990年代以後の不況期にはその経営姿勢が注目され、ついにはトヨタ自身も生産方式を他企業にパッケージ販売するに至った。
近年では社会貢献活動に力を入れており、2006年1月からトヨタ社内に「社会貢献推進部」を設置し、交通安全や中国での植林活動、人材育成、自動車のリサイクルなどの環境への貢献などの社会貢献活動を積極的に行っている。
1999年に、東京モーターショー出展のコンパクトカー“ファンタイム”を基に開発された新車種ヴィッツの爆発的ヒットを皮切りに始まった新路線と、2005年3月より9月まで愛知県東部丘陵地区（豊田市、長久手町、瀬戸市）にて開催された国際博覧会「愛・地球博」による東海地方の経済効果、また、2000年代前半における中小企業の徹底的な経営改善などが功を奏した。
しかし、2008年は原油高・世界金融危機による不景気により生産・販売台数が大幅減、一部の生産ラインで連続2交代から昼勤への勤務体制の変更を余儀なくされ、2009年3月期連結決算では前年比約73.6%減の約6,000憶円の見通しとされている。これにより渡辺社長は2008年度末で退任することが発表されている。
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